Der Kläger war seit März 2002 Eigentümer eines landwirtschaftlichen Betriebs, in dessen Rahmen er eine Schweinezucht unterhielt. Die Ferkel wurden im landwirtschaftlichen Betrieb gemästet und dann an Schlachtbetriebe veräußert. Im Oktober 2002 übernahm er nach dem Tod seines Vaters dessen gewerblichen Schweinemastbetrieb, den er als Einzelunternehmer bis April 2003 fortführte. Ab Mai 2003 veräußerte er einen Teil der Jungtiere an eine GmbH, die er als Alleingesellschafter gegründet hatte, zur Weitermast. Die zur Mast bestimmten Jungtiere wurden ausschließlich vom landwirtschaftlichen Betrieb des Klägers erworben. Über eigene landwirtschaftliche Flächen verfügte die GmbH nicht.
Die Umsätze aus seinem landwirtschaftlichen Schweinezuchtbetrieb versteuerte der Kläger nach Durchschnittssätzen (§ 24 UStG), die Umsätze aus der gewerblichen Schweinemast (zunächst nur Einzelunternehmen, dann auch GmbH) versteuerte er nach den allgemeinen Vorschriften des Umsatzsteuergesetzes (UStG).
Nach einer Betriebsprüfung kam das Finanzamt zu der Auffassung, dass zwischen dem Kläger und der GmbH eine umsatzsteuerrechtliche Organschaft vorliege. Die Leistungen zwischen dem Kläger als Organträger und der GmbH als Organgesellschaft seien als unternehmensinterne Umsätze nicht steuerbar. Darüber hinaus seien die Vorsteuern der GmbH um die Beträge zu mindern, die aus Lieferungen des landwirtschaftlichen Betriebs des Klägers resultieren. Ein über den erklärten Vorsteuerabzug hinausgehenden Abzug von Vorsteuern aus den Aufzuchtkosten der Jungtiere wurde versagt, da sie ausschließlich den Unternehmensbereich „Landwirtschaft“ des Klägers beträfen, der nach § 24 UStG besteuert werde.
Der Kläger begehrte die Berücksichtigung weiterer Vorsteuerbeträge, da es sich bei den zugrunde liegenden Eingangsleistungen um allgemeine Kosten für die Zucht der Jungtiere (Futtermittel, Viehzukauf, Maschinen und Geräte, Strom, Gas, Wasser usw.) handelte. Einspruch und Klage blieben erfolglos.
Das Finanzgericht berief sich darauf, dass der Kläger sämtliche der streitigen Aufwendungen für die Aufzucht der Jungtiere in seinem landwirtschaftlichen Betrieb verwendet habe, worauf es beim Vorsteuerabzug maßgeblich ankomme.
Der Bundesfinanzhof gab dem Kläger Recht und hob die Entscheidung des Finanzgerichts auf. Mit Urteil vom 13.11.2013 – XI R 2/11entschied er: Ein Land- und Forstwirt, der einen der Vorsteuerpauschalierung unterliegenden landwirtschaftlichen Schweinezuchtbetrieb und daneben einen gewerblichen Schweinemastbetrieb unterhält, der als Organträger der Regelbesteuerung unterliegt, muss die einzelnen bezogenen Eingangsleistungen und damit die entsprechenden Vorsteuerbeträge in die abziehbaren und die im Rahmen der Vorsteuerpauschalierung berücksichtigten aufteilen.
Für die dem Prinzip der wirtschaftlichen Zurechnung entsprechenden Zuordnung kommt es nicht darauf an, in welchem Unternehmensteil die bezogenen Eingangsleistungen tatsächlich verwendet werden, sondern allein darauf, ob der Unternehmer mit den bezogenen Eingangsleistungen der Durchschnittssatzbesteuerung oder der Regelbesteuerung unterliegende Umsätze ausführt (Art. 17 Abs. 2 Buchst. a sowie Art. 25 Abs. 5 Unterabs. 2 Richtlinie 77/388/EWG).
Damit hat der BFH seine frühere Rechtsprechung geändert, wonach für den Vorsteuerabzug entscheidend war, in welchem Betrieb die bezogenen Leistungen verwendet wurden. Damit ist der Ausschluss des Vorsteuerabzugs nach § 24 Abs. 1 Satz 4 UStG bei unionskonformer Auslegung umsatzbezogen auszulegen.

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