Betreibt der Unternehmer einen der Vorsteuerpauschalierung unterliegenden landwirtschaftlichen Betrieb und einen weiteren der Regelbesteuerung unterliegenden Gewerbebetrieb, hält der Bundesfinanzhof (BFH) in seiner Entscheidung vom 16.11.2016 – V R 1/15 (entgegen der Auffassung der Finanzverwaltung) eine Aufteilung der Vorsteuerbeträge nach dem Verhältnis der Marktpreise der produzierten Strom- und Wärmemenge (objektbezogener Umsatzschlüssel) für die allein sachgerechte Methode.
Im vorliegenden Fall unterhielt der Kläger einen der Vorsteuerpauschalierung unterliegenden landwirtschaftlichen Gartenbaubetrieb und einen weiteren der Regelbesteuerung unterliegenden Gewerbebetrieb (Stromerzeugung). Die durch das erworbene Blockheizkraftwerk (BHKW) erzeugte Wärme nutzte der Kläger für das Beheizen seiner Gewächshäuser. Der erzeugte Strom wurde gegen Entgelt in das öffentliche Netz eingespeist.
Das Finanzamt war der Auffassung, dass die geltend gemachten Vorsteuern in einen abziehbaren Anteil (Strom) und einen nicht abziehbaren Anteil (Wärme) aufzuteilen sind. Da die Wärme für den Gartenbau verwendet werde, sei die darauf entfallende Vorsteuer mit der Anwendung der Durchschnittssatzbesteuerung abgegolten.
Die Vorinstanz hatte der Klage überwiegend stattgegeben: Eine Aufteilung nach der produzierten Leistung in kWh sei nicht sachgerecht. Der BFH bestätigte dies mit der Begründung, dass die Vorsteuern nicht unterschiedslos nach der produzierten Leistung in kWh, sondern nach dem Verhältnis der Marktpreise der im Streitjahr produzierten Strom- und Wärmemenge aufzuteilen sind.

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