Bezüglich der Form und Dauer der Aufbewahrung von Rechnungen haben sich keine materiell-rechtlichen Änderungen ergeben. So sind Papier- und elektronische Rechnungen nach § 14b UStG 10 Jahre aufzubewahren. Während des gesamten Aufbewahrungszeitraums müssen die Echtheit der Herkunft, die Unversehrtheit des Inhalts und die Lesbarkeit der Rechnung gewährleistet werden (§ 14b Abs. 1 S. 2 UStG n.F.). Bei der elektronischen Aufbewahrung von Rechnungen hat die Speicherung der Inhalts- und Formatierungsdaten auf einem Datenträger zu erfolgen, der Änderungen nicht mehr zulässt. Eine Speicherung z.B. auf einer nur einmal beschreibbaren Daten-DVD oder -CD ist bereits ausreichend. Elektronische Rechnungen im Sinne des § 14 Abs. 1 S. 8 UStG n.F. sind zwingend elektronisch aufzubewahren; eine ausschließliche Aufbewahrung in Papierform (als Ausdruck) ist für steuerliche Zwecke nicht zulässig, da hierdurch das Recht der Finanzbehörde auf Datenzugriff konterkariert würde ( § 147 Abs. 6 AO). Bei Papierrechnungen hat der Unternehmer hingegen die Wahl, ob er diese in Papierform oder als Wiedergabe auf einem Bildträger oder auf anderen Datenträgern aufbewahrt; § 147 Abs. 2 AO ist zu beachten. Beim Einscannen von Papierrechnungen sind die Ausführungen unter Abschnitt VII Buchstabe b) Nr. 1 der" Grundsätze ordnungsmäßiger DV-gestützter Buchführungssysteme (GoBS)" zu beachten.
Verletzt der Unternehmer seine Aufbewahrungspflichten nach § 14b UStG, kann dies als Ordnungswidrigkeit im Sinne des § 26a Abs. 1 Nr. 2 UStG geahndet werden. Der Anspruch auf Vorsteuerabzug nach § 15 Abs.1 Nr. 1 UStG bleibt hiervon zwar unberührt, der Unternehmer trägt nach den allgemeinen Grundsätzen jedoch die objektive Feststellungslast für alle Tatsachen, die den Anspruch begründen. Sind Unterlagen für den Vorsteuerabzug unvollständig oder nicht vorhanden, kann das Finanzamt die abziehbare Vorsteuer unter bestimmten Voraussetzungen schätzen oder aus Billigkeitsgründen ganz oder teilweise anerkennen, sofern im Übrigen die Voraussetzungen für den Vorsteuerabzug vorliegen.