Das Bundesfinanzministerium (BMF) regelt in seinem Schreiben vom 2.7.2012, IV D 2 – S 7287- a/09/10004:003 Einzelheiten zu elektronischen Rechnungen und zu Rechnungskopien. Klargestellt wird, dass ein Vorsteuerabzug unabhängig von einem innerbetrieblichen Kontrollverfahren ist, soweit die Voraussetzungen nach § 15 Umsatz-steuergesetz (UStG) vorliegen. Das Kontrollverfahren unterliegt keiner Pflicht zur Dokumentation, die aber im Hinblick auf den Gutglaubensschutz beim Vorsteuerabzug erfolgen sollte.
Das BMF empfiehlt eine gesonderte Datei, die mit der elektronischen Rechnung so verbunden wird, dass sie nicht mehr getrennt werden kann (dazu auch BayLFSt v. 13.2.2012, S 0316.1.1-5/1 St42). Der Gefahr einer Doppel-entstehung der USt bei der Erteilung von Rechnungskopien kann man dadurch entgehen, dass die Kopie identisch ist mit der Originalrechnung oder aber ausdrücklich als Duplikat oder Kopie gekennzeichnet wird. Abschnitt 14c. 1 Abs. 4 USt-Anwendungserlass wird entsprechend diesen Empfehlungen angepasst.