In der Entscheidung des Bundesfinanzhofs (BFH) vom 30.1.2013 – III R 72/11 war der Kläger alleiniger Kommanditist einer GmbH & Co. KG sowie alleiniger Gesellschafter und Geschäftsführer der Komplementär-GmbH. Zum 1.1.1994 brachte er den Betrieb in eine GmbH ein. Die Grundstücke wurden allerdings lediglich an die GmbH verpachtet. Unstreitig war, dass durch die damalige Einbringung die Grundstücke nicht entnommen worden waren, sondern eine Betriebsaufspaltung gegeben war – die betrieblich genutzten Grundstücke blieben im Betriebsvermögen des Einzelunternehmens des Klägers.
Im Herbst 1994 übertrug der Kläger einen GmbH-Geschäftsanteil von 25 % auf seine Mutter. 1997 veräußerte er einen Teil der Geschäftsgrundstücke. Die bis dahin aus der Grundstücksüberlassung erzielten Einkünfte erklärte er als Einkünfte aus Vermietung und Verpachtung und den Veräußerungserlös als einkommensteuerrechtlich unerhebliche private Einnahme. Er war der Auffassung, dass die Betriebsaufspaltung durch die Übertragung der GmbH-Anteile an seine Mutter beendet worden war und die Grundstücke daher Privatvermögen darstellten.
Das Finanzamt und letztlich der BFH folgten dieser Auffassung jedoch nicht. Der Kläger habe Grundstücke des Betriebsvermögens verkauft, da die Voraussetzungen der Betriebsaufspaltung weiterhin gegeben waren. Die hierfür erforderliche sachliche Verflechtung ergab sich nach Meinung des höchsten deutschen Steuergerichts daraus, dass die an die GmbH als Betriebsgesellschaft verpachteten Grundstücke die räumliche und funktionale Grundlage der Geschäftstätigkeit bildeten.